L'APEI est dirigée par un Comité Directeur, composé de:

- Dominique Ledouble, Président

- Marie-Ange Farthouat, Trésorière

- Jean-Louis Mullenbach, Secrétaire

- Jean-Charles de Lasteyrie, Vice-président

- Jean-Florent Rérolle, Vice-président

L'APEI est également dotée d'un Conseil de Surveillance qui a pour fonction de s'assurer du fonctionnement régulier de l'Association.

Le Conseil de Surveillance est composé de trois personnalités qualifiées et indépendantes de l'Association:

- Daniel Lebègue, Président

- Hélène Ploix, membre du Conseil de Surveillance

- Vivien Lévy-Garboua, membre du Conseil de Surveillance